当医院扩建工程结束后，原先的污水处理设备通常已无法满足医院发展的一定，所以必须要新建或是改造新的污水处理站。
       在新建或是更新改造全过程中，有一些时常会碰到的难题，一定引起关注。
新老污水处理站项目对接
       医院新污水处理站的建设规划一定要考虑到老院区污水处理的最后方式。在项目前期中确认好新废水站的基本功能保障和水处理量后，医院新老污水处理站对接工作，关键是要解决老院区各废水构筑物及污水管道并入新污水处理站方式及接口。其中需要考虑到新老污水处理站设施设备的新建与保留情况，包含新老污水处理构筑物上的对接，新老污水管道上的对接及其新老废水站启停时间上的对接等。
医院特殊性污废水须开展预处理
       医院废水中除带有致病病菌、病毒、粪大肠菌群等污染源的废水以外，也有某些特殊性的医疗废水，包含制剂室产生的酸性废水，检验科产生的含氰、含铬废水，口腔科产生的含汞废水，传染科产生的带有传染性污染源的废水，放射科产生的放射性废水等。这些特殊性污染源若不经预处理而立即排进污水处理站后，会对污水处理站产生一定的处理负荷，损害处理站的出水水质，另外也会立即损害周围环境，损害人体健康安全，因此应对这些污染源分开开展预处理，预处理完后，才能够进入医院建造的污水处理站开展处理。
       依据《医疗废水处理技术指南》，特殊性废水应选用如下预处理方式：
制剂室废水预处理
       制剂室会产生高强度的酸性废水，需先使用氢氧化钠、石灰作为中和剂，投入混合搅拌中和处理酸性废水中的 pH 值至约为6～9后，才能排放。
化验室废水预处理
       化验室化验全过程中会产生含氰废水和含铬废水。
       含铬废水是先在酸性标准下，加入还原剂，将六价铬还原成三价铬，随后加上碱中和调节废水pH值至8～9，使之形成氢氧化铬沉淀，达到除铬的目的，另外，生成的Cr(OH)3纯度较高，能够开发利用。
       含氰废水加入碱液使其pH值达到10～12，随后再投加液氯或次氯酸钠，控制余氯量为2～7mg/L，处理后的含氰废水浓度值可达到0.5mg/L 以下，再排进院废水站。
       重金属沉淀最后交给有资质的危废处理中心开展处理。
口腔科废水预处理
       口腔科和计测仪器仪表中使用的汞会产生含汞废水，它的去除原理是：向含汞废水中加入硫化钠产生硫化系沉淀，再经活性炭吸附处理，汞的去除率可达 99.9%，出水含汞浓度值可达到0.02mg/L以下，含汞沉淀交给危废处理中心处理。
传染科废水预处理
       传染科废水先通过预消毒池选用二氧化氯消毒后，排进传染病区专用化粪池处理，处理后的上清液排入医院污水处理站进行下一步处理，化粪池的剩余污泥，经消毒、脱水后送到危废处理中心处理。
影印室废液预处理
       影印室的废液里带有金属银，先对银开展回收，随后对废液开展处理。
放射科废水预处理
       放射科会产生放射性废水，目前对放射性元素的处理方法主要有储存衰变法、稀释法、离子交换法，实际工作中使用最多的是衰变法，主要反应器是衰变池，衰变池的作用是将废水在池中闲置到半衰期的10倍时间，使放射性物质浓度值降低到允许排放的水平，随后再开展排放工作。从运行的持续性和便捷性及其经济效益层面考虑到，衰变池是比较理想的。
扩建污水处理站应设计事故应急池
       发生生产事故后，短期内内大量高浓度且pH值波动大的有机废水若立即进入污水处理设备，会给运行中的生物处理系统造成很高的冲击负荷，产生的损害需要很长时间来恢复，有时候会产生致命的破坏。为防止事故水对污水处理设备造成的损害，许多污水处理场设定了事故池，用于贮存事故水。
新老院区废水管道网及扩建中间池
       确认全部老医院废水管道网位置走向，明确老院区内汇至旧废水站各废水总管管径、流量及其设计标高。扩建中间池的选择应遵循以下几点：
       新中间池不与原先新大楼或旧楼地下构筑物冲突，合理设计中间池长、宽、高，妥当考虑到与旧废水站缓冲池等地下构筑物的距离，满足实地可工程施工标准；
       考察地质选址，确认中间池的深度及位置有利于老院区各路管线汇总，尽可能便于老院区各污水管路更新改造走向；
       中间池应考虑到设计标高因素，运用重力流将老院区废水汇入新楼废水管道网中。
      依据汇入的老院区废水流量设计新中间池容积大小，依据老院区污水管道设计标高及管径设定新中间池预留污水管道项目对接接口位置及大小。